Der Zollfahndungsdienst besteht aus dem Zollkriminalamt als Zentralstelle und den Zollfahndungsämtern als ermittelnder Ebene.
Hauptzollämter und Zollämter gehören nicht dazu, das Bundeskriminalamt ist eine Polizeibehörde.
Eine Reform will die Zollfahndungsämter ab 2027 in Zolldirektionen eingliedern.